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1、认定机构自由裁量权过大

《认定办法》对第十九条规定的行为作了“严重”、“重大”的限定，未来，高新企业触犯上述情形后，将根据情节进行判断，最终界定是否取消高新资格。《工作指引》中提到，认定机构应依据有关部门根据相关法律法规出具的意见对“重大安全、重大质量事故或有严重环境违反行为”进行判定处理。相较于旧的《认定办法》，新规定更加符合管理工作中千差万别的实际，也更加公正合理。然而，由于没有对“严重”、“重大”等作出具体的界定，认定机构在适用过程中将会有很大的自由裁量权，因而，国家需要进一步明确规定，防范这一权力被滥用。

2、“取消”缺乏操作规范

具体到取消高新技术企业资格程序的启动，在实践中涉及以下两种情形：（1）对已认定的高新技术企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应以书面形式提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。以及（2）由科技部、财政部、税务总局组成全国高新技术企业认定管理工作领导小组办公室，通过随机抽查和重点检查对高新技术企业认定管理工作实施监督，在检查中发现的问题企业，交由认定机构核实情况并提出处理建议。

除了上述规定外，无论是《行政许可法》亦或是《认定办法》及《工作指引》，均没有对取消高新技术企业资格的立案、调查取证、调查终结、作出决定等具体程序作出规定。同时，从目前的处理情况看，对于被取消高新资质的企业，认定机构会在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。而对于公示期以及对于公示内容有异议如何处理的问题，并没有明确的法律规定。

三、法律救济程序不完善

在实践中，多数企业由于存在涉税违反问题被主管税务机关发现，从而引发高新资质复核。加之近几年来，国家层面开展的随机检查、抽查等工作，也为企业维持高新资质带来潜在风险。

随着取消高新技术企业资格的案例越来越多，其中涉及的矛盾和争议也逐渐凸显。由于相关的行政操作程序不明确，企业自我救济的权利和途径也无从谈起。纵观“高新技术企业认定管理工作网”上现有的取消高新技术企业资格的通知，仅有一例恢复高新技术企业资格的案例。

四、对救济程序的建议

《认定办法》及《工作指引》明确了认定机构的复核职责，对于复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，然后由税务机关追缴其需要补缴的税款。该规定理顺了认定机构与其他部门尤其是税务部门的法定职责，避免出现因行政机关越权、滥权而侵害企业利益的现象。然而，由于相关法律规定中没有对认定机构受理、核实并处理复核申请及有关举报等事项的具体程序作出规定，被复核企业对于复核过程并不清楚，其合法权益仍然很难得到有效保障。对此，国家应尽快完善相关程序法规定，从而降低认定机构的执法风险，同时，也能更好的保障相关企业的合法权益。

立案环节：

认定机构受理复核申请后，应由工作人员填写立案审批表报负责人审批，同时，负责人需指派两名以上工作人员承办该案。承办高新技术企业资格认定的工作人员应实行回避。

调查环节：

调查环节主要是收集两类证据，一类是事实类，另一类是法规类，这是决定高新资质是否可以取消的依据。承办人员在收集完相关证据并调查终结后，应写出调查终结报告。调查终结报告的内容应包括：企业的基本情况、主要事实、处理依据、处理决定建议等。

核审环节：

撤销行政许可是一项非常严肃、复杂的具体行政行为。因此，在调查终结后，认定机构必须报单位法制机构核审，核审机构必须提出书面意见。

审批环节：

承办人员将取消高新技术企业资格建议审批表和核审意见连同案卷报负责人审批，批准后告知当事人，同时告知其享有的陈述、申辩的权利。

决定环节：

决定取消高新技术企业资格的，作出书面决定，向企业送达。取消通知应当包括取消的理由、依据、告知企业自接到通知之日起60日内可向上级机构申请行政复议，或在3个月内直接向人民法院提出。

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